1998 में परवेज मुशर्रफ को जनरल के पद पर प्रोन्नत किया गया और उन्हें सेनाध्यक्ष बना दिया गया। इसके कुछ समय बाद ही मुशर्रफ ने अक्टूबर 1999 में विद्रोह किया और पाकिसतान ी सत्ता पर कब्जा कर लिया।
परवेज मुशर्फ पाकिस्तान के सबसे ज्यादा समय तक राष्ट्रपति रहे। वे 2002 में एक कथित जनादेश द्वारा राष्ट्रपति बने थे और उन्होंने इस पद को 2008 तक संभाला।
अपने कार्यकाल के दौरान मुशर्रफ ने अमेरिका के साथ पाकिस्तान के रिश्तों को मजबूती दी और 9/11 के हमले के बाद पाकिस्तान अमेरिका का सबसे नजदीकी सहयोगी बन गया।
मुशर्रफ ने 2004 में पाकिस्तान के संविधान में संशोधन किया और खुद को सैन्य राष्ट्रपति घोषित किया था।
